Los cuartos limpios deben de mantener altos estándares de higiene, para lo que es necesario que recurran a ciertas medidas para controlar por completo el ambiente dentro de ellos, con el fin de que éste no tenga ningún contacto con los microorganismos que se encuentran en el aire o agua.

Entre los sistemas de seguridad que se utilizan para el control medioambiental de las salas blancas están:

Regulación de la presión atmosférica. Todos los cuartos de este tipo tienen instalados dispositivos que les permiten mantener una presión atmosférica mayor a la del exterior, con el fin de que cuando se abran las puertas, el aire del interior salga (como propulsado), pero el de afuera no pueda entrar.